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古时为两个小岛，南朝宋初郡守谢灵运曾登上孤屿，写下“乱流趋正绝，孤屿媚中川。云日相辉映，空水共澄鲜”名句。唐季以还，屿上逐渐建成梵宇和浮屠。咸通七年（866），于西山东麓建净信禅寺。宋开宝二年（969），又于东山西麓建普寂禅院，并先后建西塔、东塔。南宋建炎四年（1130），宋高宗赵构为避金兵南下，曾驻跸普寂禅院。 与鼓浪屿，东门屿，兰屿并称“中国四大名屿”。
绍兴七年（1137），僧清了奉诏来江心屿设坛传经，率众填塞中川，两屿遂连接为一；填塞处，建寺，名中川寺，通称江心寺。未久，高宗赐名为龙翔兴庆禅寺，奉为“宗室道场”。其后，外国僧侣也慕名来参禅膜拜，至明清两代，仍络绎不绝。 江心屿遍布殿堂亭榭，甚富古迹，且古木葱茏，风景秀幽，向有“瓯江蓬莱”之称。各代诗人题咏诗词就有500余首；如唐代诗人李白、杜甫、孟浩然、张子容、韩愈、张又新等均有名篇佳作咏及孤屿。
江心寺为清乾隆五十四年（1789）重建，面积约2870平方米，分前、中、后三殿。前殿为天王殿，东西有长廊，两端置钟鼓楼。今宋代古钟尚存。中殿为圆通殿，最为壮观，供奉的是观音菩萨，江心寺为全国32所观音道场之一，。殿内槛联匾额，琳琅满目。正柱联为宋王安石撰并书。后殿三圣殿，殿额与对联皆为弘一法师所书。寺周古木参天，景色清幽。1983年列为全国对外开放142座重点寺院之一。
原名净信院，又名西塔寺院。宋高宗驻跸孤屿时，改称兴庆。重建于清嘉庆年间。寺两侧有琉璃泉，泉水清冽，为温州三大名泉之一。寺墙内有橄榄一株，相传明万历十五年（1587）为郡守卫承芳所植，2003年被毁。建国后温州市博物馆建于此寺，常年展出历史文物，现改为温州革命历史纪念馆。
位于江心寺东面。南宋德祐二年（1276），文天祥自元兵押解途中脱险来温，留居中川寺，作《北归宿中川寺》诗。明宪宗成化十八年（1482），邑人为纪念这位民族英雄就义200周年而建此祠。祠内原有文天祥石质雕像和名人题诗碑刻，后被毁坏，仅存清人秦瀛《宋文信国公造像题记》碑。1981年整修，回廊镶嵌《正气歌》及20块后人凭吊诗词碑刻，并有联云：孤屿自中川，逝水难消-恨；崇词足千古，英风犹挟怒涛鸣。
东塔始建于唐咸通十年(869年)，一说建于北宋开宝二年(969年)，曾毁于兵火，南宋绍兴十年(1141年)重建。元至正，明万历，清乾隆多次重修。塔高28米，底径8米余，6面7层，青砖围砌。过去外围层层有平座、栏杆和出檐，内有扶梯直上塔顶，可俯瞰瓯江澎湃，饱览风光旖旎的鹿城全貌。清光绪二年（1876年）“中英烟台条约”签订，温州辟为商埠。1894年始在东塔山下建造英国驻温领事馆，次年落成。英借口警卫工作需要，强迫温州地方当局拆除东塔内外的飞檐走廓，留下这座中空无顶的塔身。塔顶自然生长一株100多年树龄的榕树，无土培植，根垂塔中，全年常绿，实为奇观。今塔仍巍峨雄伟，像一座饱经风霜、历尽沧桑的历史丰碑矗立在东峰之巅。
西塔始建于北宋开宝二年(969年)，一说建于唐咸通十年(869年)，明、清曾多次修缮。塔高32米，底径7米，6边形，7层，中空，系楼阁式青砖仿木构建筑。远远望去，碧水蓝天，全身披绿的西峰山托着砖红色宝塔，塔刹直入云端，蔚为壮观。就近处，江风吹动四十二个檐角的铜风铃送声，四周枝头飞禽清脆的啼呜，交响成趣。塔每层每面均有小佛龛，内置石雕佛像，造型精致，神态自然，有颇高的艺术价值，塔周围置青石坐凳，万木扶疏，清幽格静，引人遐思。因塔身倾斜，曾于1982年进行大修葺。今塔仍保持宋代风格。